单细胞小RNA测序技术进展:2016年至今的四大突破性研究综述,什么推广网站好做
栏目:网络推广 发布时间:2025-02-15
目前,单细胞 RNA 和 DNA 的高通量测序是一项相对成熟的技术。单细胞 DNA 测序的实现使得在非常少量甚至单个细胞的 DNA 水平上识别突变成为可能。单细胞转录组技术可以 ... 单细胞小RNA测序技术进展:2016年至今的四大突破性研究综述
    目前,单细胞 RNA 和 DNA 的高通量测序是一项相对成熟的技术。单细胞 DNA 测序的实现使得在非常少量甚至单个细胞的 DNA 水平上识别突变成为可能。单细胞转录组技术可以检测单个细胞中 mRNA 的组成,从而更准确地识别细胞类型和状态。

    小RNA是一类广泛存在于生物体中的非编码RNA,参与调控细胞中超过1/3的基因表达,是基因表达调控网络的重要组成部分,但由于其特殊性,小RNA测序技术在单细胞水平的进展非常缓慢。自 2016 年发表第一篇关于单细胞小 RNA 测序的技术文章以来,迄今仅发表了 4 篇文章。本文简要介绍了这四篇文章中使用的小 RNA 文库测序技术。

    1.-小 RNA 的细胞

    总结:

    在本文中,我们提出了一种单细胞小 RNA 测序方法,并将其应用于人类胚胎干细胞和癌细胞。对 tRNA 和小核仁 RNA 片段 () 的分析揭示了它们作为不同细胞类型和状态的标志物的潜力。

    技术亮点:

    本文的文库制备技术与常规小 RNA 文库制备技术的主要区别在于以下几点:

    1) 具有 5.8 秒序列的寡核苷酸,用于与 5.8 秒 rRNA 结合;

    2) 5' 接头使用 7 碱基 UMI 去除文库制备和测序过程中 PCR 引入的重复

    3) 文库扩增采用两轮 PCR 扩增,每轮 13 个循环;

    4) 无片段排序,便于自动建库。

    其数据库构建流程图如下:

    图 1 |单细胞小 RNA 文库工艺

    技术效果:

    1) 实现了在单细胞水平检测小 RNA 的目的;

    2) 通过 UMI 校正,单碱基失配率从 2.992% 下降到 0,而 2 碱基失配和 3 碱基失配也有所下降。

    2.使用

    总结:

    本文提出了两种用于单细胞小 RNA 测序的单细胞裂解方法。第一种方法基于基于化学的过夜冷冻技术,而第二种方法利用质膜的芯片电解和物理提取,并通过等速电泳分离细胞质 RNA。通过上述两种方法获得的样品通过芯片外小 RNA 文库技术,并使用修饰的接头序列来防止接头二聚体的形成。K562 单细胞小 RNA 测序显示,该方法需要 6 小时的实验作时间,有效读数的比例相对较高,该方法检测到的 miRNA 丰度从 16,000 拷贝/细胞到约 10 拷贝/细胞不等。

    技术亮点:

    1) 采用两种样品制备方法:将单细胞在 -80°C 下在裂解物和电解质膜中冷冻过夜,并通过 Chip on-chip 物理提取,通过等速电泳分离细胞质 RNA;

    2)在文库构建过程中,使用接头构建文库,以避免形成接头二聚体;

    3) 使用建库套件,可在 6 小时内完成建库;

    4) 不要进行片段排序。

    其数据库构建流程图如下:

    图 2 |数据库构建流程图

    技术效果:

    1) 两种样品处理方法对各种小 RNAs 的检测水平与 (2016) 中发表的方法相似;

    2) 第二种方法的数据质量更好,短片段占 58%,而第一种裂解方法占短片段的 28%,(2016) 占短片段的 42%。

    3) 实验过程仅需 6 小时,(2016 年)中的建库方法需 18 小时。

    3.细胞小 RNA 的小序列

    总结:

    Small seq 是一种基于连接的方法,使用分子标签捕获、测序和计算单个哺乳动物细胞中的小 RNA。本文提供了依赖于标准试剂和仪器的详细方案。标准方案捕获一组复杂的小 RNA,包括 ()、tRNA 片段和小核仁 RNA ();可以通过添加库排序步骤来完成扩充。从收集细胞开始构建文库需要 2-3 天。

    技术亮点:

    从上面的流程图可以看出,该技术的实验原理和程序与 2016 年发表的文章中发表的实验原理和程序是一致的。但是,本文给出了详细的试剂和实验程序,它们更具可作性。同时,还给出了数据分析的具体命令行,大大减轻了数据分析师的流程开发负担。

    4.-细胞 CAS-seq 人中的一类短 PIWI-RNA

    总结:

    为了研究小 RNA 在灵长类卵母细胞中的重要功能,开发了一种单细胞小 RNA 测序方法 CAS-seq,并在人卵母细胞和胚胎中进行了分析。结果发现,一类约 20 nt 的小 RNA 主要在人和猴卵母细胞中表达,而不在小鼠卵母细胞中表达。它们与 HIWI3 () 特异性相关,并且明显短于通常已知的 PIWI 相互作用 RNA (),称为卵母细胞短 (os-)。值得注意的是,人卵母细胞的 os- 在 3' 端缺乏 2'-O-甲基化,这是一个经典特征。此外,os- 具有很强的 1U/10a 偏倚性,并在最近进化的转座因子 (TE) 的反义链上富集,表明其通过切割沉默 TE 的潜在功能。因此,本研究鉴定了一个具有不同特征的卵母细胞特异性 piRNA 家族,为研究灵长类卵母细胞中的小 RNA 提供了宝贵的资源。

    技术亮点:

    1) 使用生物素化逆转录引物;

    2) 逆转录引物与 T7 启动子连接,用于后续的 IVT 扩增;

    3) 在文库构建过程中使用 Cas9/sg RNA 去除接头二聚体;

    4) 链霉亲和素纯化的文库;

    其数据库构建流程图如下:

    图 4 |数据库构建流程图

    技术效果:

    1) 检测灵敏度高,单细胞初始文库制备的检测效果接近 200 ng RNA 初始文库制备;

    2) 提高了测序数据的基因组比对率;

    3) 能够检测低表达的小 RNA 分子。

    引用

    1. Omid R,Ilgar,小 RNA 细胞,2016,34,–1266

    2. Ruba , Shore, M. Han, 使用细胞小 RNA 的高效读取,2018,,90,21,12609-12615

    3. - , Ilgar , ,细胞小 RNA 的小序列 , , 2018 13, –2424

    4. Yang Q, Li R, Lyu Q, -cell CAS-seq 人类中的一类短 PIWI-RNA,, 2019.10.10.1038/-019-11312-8.


# 单细胞小RNA测序技术进展  # 2016年至今的四大突破性研究综述  # 漯河seo推广营销方案  # 蠡县网站seo优化排名  # 违法网站推广  # 青县网站优化多少钱  # 南阳seo建立哪家好  # 普安营销网站建设  # seo关键词排名考核  # 肇庆湖南网站优化推广  # 网站建设推来客专业  # 商业网站建设黄页  # 各行各业营销推广排名  # 标准网站推广方案怎么写  # 徐州服装网站建设  # 娄底网站建设营销  # 西藏抖音seo排名多少  # 宁波高端关键词排名优化  # 金*站推广外包服务  # 小型企业网站seo  # 南通市网站建设收费  # 济宁网站建设需求分析 


相关文章: 相城区召开领导干部会议传达学习许昆林调研讲话精神,顺德网站建设地点有哪些  O2O *维修平台极客修完成 B 轮融资,将入驻京东服务+生态平台,禹城seo优化公司  淘宝客网站创建指南:业余时间赚钱新途径,邓州网站关键词推广  SEO里面的秘密:如何通过搜索引擎优化提升网站流量,白酒公司厂家网站建设  优化提长:让企业效能提升的秘密武器,德惠做网站建设的公司  如何做好品牌网站建设方案?专业策划是关键,罗湖培训机构网站建设  长春网站建设点瑞网络:打造优质外链的标准及重要性,牡丹区网站建设推广  自品牌课程第二季第 12 期全新升级,15 天 1 对 1 点评,助力成长,汶上互联网seo  实力薄弱的小影楼如何借助网络扩大实力提升知名度?,招商网站推广来电咨询  为什么选择SEO会员服务,让您的网站流量飞速增长,软文营销推广教程  seo 优化价格是多少?聚商网络为你详细介绍,临河网站排名优化  优化型网站:提升企业竞争力的必备利器,西安网站建设雄账号  SEO 知识要点解析:页面收录、排名影响及淘宝店铺运营,视频推广与营销策略  构建职业院校校企合作项目绩效评价指标体系的研究,朔州seo整站优化  企业网站建设的关键细节:域名选择与注意事项,讯云seo怎么样  SEO广告:如何借助SEO提升品牌曝光与销售业绩?,深圳美发店推广招聘网站  电商网站建设运营:策略规划、策划方案与核心管理的全面解析,如何找高端网站推广产品  互联网时代,企业网站建设中服务器维护的关键要点,网站建设的五个手段包括  新型消费蓬勃发展,线上 VR 助湖北博物馆端午游火爆,昆明全网推广整合营销  财政电子票据改革:2021 年起与纸质票据具有同等法律效力,可直接报销,营销网站建设价格明细表  SEO结构优化:助力网站提升排名与流量的关键策略,seo 索引  企业建网站需要哪些资料?购买域名、备案所需证件大揭秘,吕梁网站开发推广公司  婚纱摄影网站建设:如何针对客户人群找出网站重点,阿里巴巴营销宝推广规则  网站被挂马怎么办?云服务器和网站空间哪个更安全?,动画电影推广营销的方式  包河网站建设一站式服务,解决设计制作及推广难题,惠水网站关键词排名公司  淘宝 seo 搜索优化技巧:提高宝贝转化率与优化标题关键词,香港seo系统靠谱乐云seo品牌  拼多多旗下 Temu 广告在美国引争议,专家:是则好广告,商丘ai网站推广技术  家居企业上市潮:从产品竞争到资本竞赛,谁能笑到最后?,网站建设制作代理  了解传统淘宝客网站建设不成功的三个重要原因,助你搭建高转化率的淘宝客网站,seo.10153.net  新站长必知的 3 个 seo 博客优化技巧,让你快速提升排名和转化,网络营销推广部干什么的  2021 年政务公开工作要点印发,以人民为中心深化政务公开,昌乐优化网站建设  江西省总与建行合作,实现工会普惠服务全省互惠互通互享,seo正规培训留痕  公司收录:如何通过精准收录提升品牌影响力与市场竞争力,网站建设图片编程实例  掌握这些 SEO 关键词排名优化方法,提升网站排名不是梦,网站制作和推广工作总结  外贸企业如何选择谷歌优化公司?看这三个客观数据,中间商如何做网站推广  同义转化:让你的语言更具表现力与感染力,电脑上的seo  SEO差价如何用SEO优化帮助企业实现成本与效益的完美平衡,乐山抖音seo收费  中国二次元故事的尴尬与潜力:大圣归来后的思考,广告优化插件下载网站  承德市医疗保障局启动 2023 年度医保基金监管集中宣传月活动,郴州全网营销推广公司  榆林市政协常委孙利斌:强化互联网思维,适应网络发展新常态,家具网站建设公司推荐  了解淘宝 seo 概念,掌握免费优化排名的关键原理,重庆网站关键词推广公司  什么叫改写-解读“改写”背后的艺术与技巧,哪里有人推广网站  深建市场[2020]20 号:2020 年 9 月起对全市工程造价咨询企业开展执法检查,辽宁网站建设地址  SEO查:如何用精准的SEO诊断助力网站流量爆发,鹤壁网站推广哪家有实力  移动端网站开发与 PC 端的区别,你了解多少?,淄博推广营销公司招聘  芜湖江北新区(中江新城)控制性详细规划公示,发展目标及规模曝光,景德镇网站运营优化平台  “新热度”:引领潮流的力量,如何趋势的脉搏,广州seo培训网  SEO大量优化:如何通过精准策略提升网站流量,突破搜索引擎排名瓶颈,喜庆素材网站建设游戏  网站建设与营销推广的四大原则,你 get 了吗?,润百颜营销推广  网站优化效果不佳?反思这些忌讳,避免踩红线,广东抖音营销推广方案 


相关栏目: 【 网络营销55532 】 【 网络推广33921 】 【 网络优化98863 】 【 网络学院69291 】 【 网络运营7217 】 【 AI推广84713 】 【 百度推广30177